Los nuevos organismos de inteligencia, cuya cabeza coordinadora es la Secretaría Nacional de Inteligencia (Senaín), trabajan para cumplir las disposiciones que emanan del poder político (presidente y ministro de Seguridad), cosa que antes no sucedía. Así lo sostuvo el exdirector de Inteligencia del Ejército Mario Pazmiño.
Según señala, como miembros de inteligencia, ellos emitían informes que describían las amenazas que podían afectar la estabilidad democrática y del Estado (no del gobierno), para que el poder político tome decisiones. El trabajo era para garantizar el cumplimiento de los objetivos nacionales permanentes.
No obstante, esto cambiaría. En la página 17 del cuadernillo de la Agenda Nacional de Inteligencia, se establece como misión institucional de la Senaín: "Producir y patrocinar inteligencia políticoestratégica en forma permanente y oportuna para el nivel de decisión político, con el fin de prevenir y enfrentar los riesgos y amenazas que atenten contra la seguridad pública y del Estado, los intereses nacionales del Estado de derecho y sus instituciones".
Para esto, se respaldan en lo que establece la Constitución y la Ley de Seguridad Pública que avaló la creación de la Senaín (que fue constituida previamente vía Decreto Ejecutivo), y en la que se determina que será el presidente de la República el que designe al director de esa entidad. Desde su creación, la Senaín no ha tenido al frente a un especialista en el área de inteligencia y contrainteligencia. Actualmente, el cargo está en manos del hermano del canciller.
Raúl Patiño fue posesionado el 10 de noviembre de 2011, en reemplazo de Luis Yépez. Antes, estuvo Homero Arellano, actual ministro de Seguridad Interna y Externa, y el primero en ejercer esa Secretaría fue Francisco Jijón.
De acuerdo con la estructura y las leyes que rigen, la Senaín rinde cuentas al presidente, quien aprueba las políticas que se tomarán en el área de inteligencia.
A criterio de Manuel Silva, exdirector de la Unidad de Investigaciones Especiales (Uies) de la Policía, esto no es correcto porque el trabajo de inteligencia debe ser técnico e independiente y contar con autorización legal. En las investigaciones, pueden resultar involucrados funcionarios públicos, como ocurrió en el caso "Huracán de la Frontera", sostuvo.
Silva pidió que en la Agenda se defina qué es "inteligencia pública", porque se infiere que existe otra privada; cuestionó que se manejen ideas como "fomentar una cultura de inteligencia en las instituciones del Estado", como consta en ese documento, porque se puede entender que se va a espiar en las entidades, y que no se debe buscar "la preservación del régimen político", sino estabilidad de la democracia.
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