Tránsito Amaguaña nació en Olmedo, Cayambe. Sus padres fueron huasipungueros, dirigentes indígenas de la hacienda Pesillo. Su familia la casó a los 14 años para evitar que los patrones abusaran de ella, como era la costumbre.
Participó en la creación de los primeros sindicatos agrícolas del país. Se relacionó con los incipientes movimientos indígenas y conoció a la dirigente Dolores Cacuango.
Asistía a las reuniones del naciente Partido Comunista. Cuando los sindicalistas y campesinos habían conseguido el primer Código de Trabajo y la Ley de Comunas, fundó la Federación Ecuatoriana de Indios en 1944, junto a Nela Martínez.
Promovió y conformó la cooperativa agraria como uno de los mecanismos de presión social y política para exigir al Estado la entrega de tierra para los indios.
Por iniciativa propia y sin apoyo del Gobierno, en 1945 inició las escuelas campesinas, fundando, en el área de Cayambe, cuatro escuelas bilingües (quichua-español).
Después conoció a Fidel Castro, en 1962. Al regresar de la Unión Soviética, en 1963, a donde viajó a un congreso. fue detenida y encarcelada acusada de recibir dinero y armas rusas para promover la revolución en el país. Ella lo desmintió.
A raíz de esa acusación, su comunidad se dedicó a protegerla y defenderla.
Tránsito Amaguaña tuvo cuatro hijos que murieron, y un marido que, cansado de la militancia de su mujer, la abandonó.
En la comunidad de La Chimba, sobre una lomita, Tránsito Amaguaña tenía su casa, donada por el alcalde de Cayambe, Fausto Jarrín, en justo homenaje a la valiente luchadora.